Epoka napoleońska – Wiedeń
Cesarz Leopold II, który niechętnie objął panowanie po Józefie II w 1790 roku, zmarł nagle na skutek wylewu, niespełna dwa lata później. W wyniku tego, Franciszek II (1792-1835), najstarszy syn Leopolda, został cesarzem. Nie był wielkim wojskowym, jego oddziały walczyły z Francuzami przez dwa lata, zanim pofatygował się osobiście na linię frontu, ale bez wątpienia był kandydatem na jednego z największych przeciwników Napoleona.
W swej pierwszej włoskiej kampanii Napoleon pokonał siły Habsburgów pod Mantuą. Od Wiednia dzieliło go 100 mil, kiedy cesarz poprosił o pokój. Sytuacja powtórzyła się jeszcze raz w 1800 roku, kiedy wojska Napoleona ponownie maszerowały na Wiedeń. Do roku 1803 Habsburgowie utracili na rzecz Francji Niderlandy i kilka terytoriów w północnych Włoszech. Napoleon dolał jeszcze oliwy do ognia, ogłaszając się cesarzem w następnym roku, z wyraźną intencją odtworzenia Świętego Cesarstwa Rzymskiego pod francuską dominacją. W odwecie Franciszek ogłosił się cesarzem Austrii (tytuł dotychczas nie istniejący), choć gest ten wyglądał raczej jak przyznanie się do porażki, skoro Franciszek był do tej pory cesarzem Świętego Cesarstwa Rzymskiego.
Okupacja Wiednia w 1809 roku
W ciągu następnych kilku lat nie było dla Austriaków nadziei na odwet. Jednak wiosną 1809 roku, kiedy Napoleon napotykał problemy, walcząc z Wellingtonem w Hiszpanii, Austriacy zdecydowali się wykorzystać ten moment na wznowienie działań wojennych. Mimo, że zostali ponownie pokonani pod Ratyzboną, wojska austriackie dowodzone przez cesarskiego brata, arcyksięcia Karola, zdołały przegrupować się na wschód od Wiednia. Raz jeszcze Napoleon mógł pomaszerować na Wiedeń. Jak zwykle cesarska rodzina schroniła się na Węgrzech, ale tym razem, miasto próbowało bronić się samo. Napoleon dotarł na peryferie Wiednia 10 maja 1809 i wysłał dwóch emisariuszy na negocjacje. Zostali natychmiast zlinczowani przez wiedeńczyków; francuskie bombardowanie rozpoczęło się wieczorem. Wywiązała się nierówna walka. Francuzi wystrzelili około 1600 pocisków i zabili 23 cywilów. Następnego dnia miasto skapitulowało. Jego 16-tysięczny garnizon nie sprostał 100-tysięcznym oddziałom francuskim.
Pomimo zdobycia Wiednia armia napoleońska doświadczyła pierwszej poważniejszej porażki 10 dni później pod Aspern, na wschód od Wiednia. Arcyksiążę Karol nie zdołał wykorzystać przewagi, a Napoleonowi udało się utrzymać Wiedeń, pokonując Austriaków 6 tygodni później pod Wa-gram. Miasto musiało uczcić urodziny nowego cesarza 13 sierpnia, a w traktacie pokojowym, podpisanym 14 października, Austria została zmuszona do oddania Galicji i Chorwacji. Dwa dni później Napoleon opuścił Wiedeń, ale nie zostawił instrukcji swoim francuskim inżynierom, aby wysadzili fortyfikacje miasta. 29 października Francuzi urządzili pożegnalny bal, a pod koniec następnego miesiąca cesarz Franciszek zakradł się incognito do Hofburga.
Klemens Metternich został ministrem spraw zagranicznych Austrii i rozpoczął wprowadzanie polityki zbliżenia. Jego największym osiągnięciem w tym kierunku było zaaranżowanie małżeństwa Napoleona i 16-letniej córki cesarza Franciszka, Marii Ludwiki. Uroczystość odbyła się w marcu 1810.
Kongres Wiedeński
Wiedeń nie brał udziału w dalszych wojnach napoleońskich, ale był główną sceną rokowań pokojowych. Po pokonaniu Napoleona pod Lipskiem i wygnaniu go na Elbę, zwycięskie siły spotkały się na Kongresie Wiedeńskim jesienią 1814 roku.
Pomimo rozmaitych nonsensów, kongresowi udało się ustanowić status quo w Europie. Wiele uzgodnionych w Wiedniu granic miało przetrwać ponad wiek. Na mocy układu pokojowego Austria odzyskała większość północnych Włoch oraz Galicję, Chorwację, Salzburg, Tyrol i Voralberg, ale za radą Metternicha, odstąpiono od pretensji do Niderlandów i innych, dalej położonych terytoriów, które byłyby trudne do obrony. Kongres zobowiązywał również zwycięskie państwa do dalszych regularnych spotkań, na których uzgodniono, że w celu utrzymania pokoju międzynarodowego, będą one wspólnie tłumić wszelkie przyszłe rewolucyjne ruchy w Europie.