Począwszy od drugiego ćwierćwiecza XVI w. dochodzi w księstwie cieszyńskim — w ślad za całym Śląskiem i ziemiami czeskimi — do żywiołowego rozwoju protestantyzmu. Oddanym wyznawcą i protektorem nowych prądów był Jan z Pernstejnu, opiekun małoletniego Wacława III Adama. Po osiągnięciu pełnoletności książę ten, w 1545 r., uznał konfesję augsburską za oficjalne wyznanie księstwa. Wraz z nim przeszła na protestantyzm Rada Miejska Cieszyna i większość mieszczan, a protekcja księcia przyczyniła się do rozprzestrzenienia nowej religii w całym księstwie. Zaraz po objęciu władzy młody książę rozpoczął sekularyzację dóbr klasztornych i ewangelizację kraju. W 1578 r., na rok przed śmiercią, ogłosił — na wzór księstw niemieckich — luterański „porządek kościelny”. Ewangeliczką była również wdowa po księciu, księżniczka saska Katarzyna Sydonia, która także szerzyła ideę kościoła podporządkowanego władzy księcia.
Na przełomie XVI i XVII w. cesarz Rudolf II przyjął jednak na terenie monarchii kurs antyprotestancki. Względy polityczne doprowadziły do tego, że kolejny władca Cieszyna, dowódca cesarskiej jazdy książę Adam Wacław w 1610 r. porzucił luteranizm. Stał się żarliwym katolikiem, propagatorem nowo powstałej Kalwarii Zebrzydowskiej i tak jak dawniej katolicyzm, tak teraz rozpoczął tępić protestantyzm. Postawa taka zaowocowała wkrótce dla księcia stanowiskiem starosty generalnego całego austriackiego Śląska, zaś dla ludności — prześladowaniami ewangelików przez władze świeckie oraz duchowieństwo katolickie.
Wybuch wojny trzydziestoletniej w 1618 r. przyniósł dalsze zaostrzenie konfliktów wyznaniowych oraz wzmożenie prześladowań ludności protestanckiej. Powrót wojsk cesarskich na Śląsk Cieszyński po wycofaniu się protestanckich oddziałów Mansfelda zapoczątkował falę szczególnych represji. Pod naciskiem prezydenta Komory Śląskiej, Karola Hannibala von Dohny, tolerancyjnie usposobiona do nie-katolików księżna Elżbieta Lukrecja zmuszona została do wydania w 1629 r. statutu religijnego, gwarantującego katolicyzmowi panowanie w księstwie i przekreślającego m.in. możliwość egzystencji protestantów w miastach.
Kurs antyewangelicki przybrał na sile po zawarciu w 1648 r. pokoju westfalskiego, kończącego wojnę trzydziestoletnią, a zwłaszcza po śmierci Elżbiety Lukrecji, kiedy to księstwo dostało się bezpośrednio w ręce Habsburgów. Zadaniem powołanej w 1653 r. komisji religijnej, przekształconej w 1663 r. w tzw. komisję eliminacyjną, było całkowite wytępienie wszelkich śladów protestantyzmu na Śląsku Cieszyńskim. Fanatyzm jej członków sprawił, że „..akcja kontrreformacyjna przybrała miejscami postać wybryków i gwałtów, niczym nie odbiegających od ekscesów landsknechtów z okresu wojny trzydziestoletniej” (J. Chlebowczyk — „Cieszyńskie szkice historyczne”). W czasie od 21 III do 18 IV 1654 r. zamknięto wszystkie istniejące jeszcze kościoły ewangelickie w księstwie, w liczbie 50. Zamykano ewangelickie szkoły i przytułki, stosowano kary więzienia, chłosty i grzywny pieniężne, zarówno w stosunku do poddanych, jak i do szlachty. Sprowadzeni w 1670 r. jezuici przeforsowali zakaz dostępu niekatolickiej szlachty do urzędów krajowych oraz prawo wymierzania rujnujących grzywien za udział w protestanckich nabożeństwach. Od 1689 r. obowiązywał też prawny zakaz udzielania ślubów niekatolikom, co szczególnie dotkliwie uderzyło w lud.
Wynikiem tego totalnego ucisku był znaczny spadek zaludnienia księstwa. Mieszczanie przenosili się do Polski, na Węgry lub do miast Dolnego Śląska tak masowo, że w połowie XVII w. prawie połowa domów w Cieszynie została pusta. Wielu z nich osiedlało się w nieco bardziej tolerancyjnym Bielsku lub tuż za graniczną Białą, w powstałej w 1613 r. nowej gminie Biała. Organizowane po wsiach obławy na „zaprzańców” doprowadziły do masowych ucieczek chłopów ze wsi, zwłaszcza na sąsiednią Żywiecczyznę, w Czadeckie lub do położonego tuż za rzeką Białą starostwa lipnickiego. Wielu z nich schroniło się przez prześladowaniami głębiej w górach, gdzie pańscy oficjaliści już nie docierali, zakładając wysoko położone przysiółki na terenie dzisiejszego Ustronia, Wisły, Istebnej, Nydku i in.
Ci, co pozostali, trwali usilnie przy swej religii. Mieszkańcy doliny Olzy* udawali się na nabożeństwa do zboru ewangelickiego w Czadcy — po drugiej stronie Przełęczy Jabłonkowskiej*, a więc już na ówczesnych Węgrzech. Protestanci z pn. części księstwa cieszyńskiego znajdowali oparcie w bielskim państwie stanowym, gdzie gmina luterańska korzystała najdłużej z patentu tolerancyjnego, ogłoszonego w 1589 r. przez właściciela państwa, Adama Schaffgotscha. W innych rejonach chłopi, nierzadko uzbrojeni, brali udział w konspiracyjnych nabożeństwach w górach. Miejsca te znane są do dziś, m.in. na stokach Równicy w Ustroniu*, przy „Kamieniu” na stoku Wlk. Czantorii* w Nydku*, na Goduli w Ligotce Kameralnej i pod Jaworowym w Oldrzychowicach (dwa ostatnie — w Beskidzie Śląsko-Morawskim, obecnie w Czechach). Latem 1674 r. dotarły do Wiednia wieści, że w lasach koło Cieszyna w nabożeństwach takich uczestniczy po kilka tysięcy ludzi. Skarbnicą ducha były wówczas dla cieszyńskich ewangelików skrzętnie ukrywane „Biblie Gdańskie”, postylle Samuela Dambrowskiego i kancjonały Jerzego Trzanowskiego.