Okres upadku połowa XVII – początek XVIII w.
Ostateczny kres pomyślności i dobrobytu przyniosły ze sobą czasy potopu szwedzkiego. W listopadzie 1655 r. wojska szwedzkie opanowały Hel i Kazimierzowo, jednakże Jakub Wejher, przy pomocy pospolitego ruszenia, zdołał utrzymać pozostałą część wybrzeża. Karolowi Gustawowi nie udało się zdobyć Gdańska. Na początku 1656 r. Szwedzi uderzyli na Prusy Królewskie. Malbork bronił się krótko, po czym załoga pod wodzą Jakuba Wejhera wycofała się do Gdańska. W zamian za przeciągnięcie Fryderyka Wilhelma na polską stronę Prusy Książęce uwolniły się z zależności lennej, a Lębork i Bytów stały się lennem pruskim. Z wojny Prusy Królewskie wyszły całkowicie wyludnione (o 60%) i zrujnowane. Około 1/3 wsi uległo zagładzie, podupadły małe miasteczka.
Za panowania Jana III Sobieskiego dochodzi do nowych rozruchów społecznych w Gdańsku i sam król musi przybyć do miasta. Przy okazji nieskutecznie próbuje podnieść rolę katolików. Kolejne zniszczenia niesie ze sobą wojna północna. Przez Prusy Królewskie przechodzą wojska szwedzkie i rosyjskie. Do tego na początku wieku wybucha epidemia dżumy, która pochłania 1/3 ludności. Duże miasta tracą na znaczeniu. Gdańsk nadal pozostaje najważniejszym ośrodkiem handlu zbożem, choć coraz silniej konkuruje z nim Królewiec. Na początku
XVIII w. następuje powolne ożywienie gospodarcze, charakteryzujące się liczniejszymi kontaktami handlowymi pomiędzy Prusami Królewskimi a resztą kraju. Ród Przebendowskich gromadzi olbrzymie majętności na wybrzeżu.
Zmierzch Rzeczpospolitej i rozbiory
Prusy Królewskie opowiadają się po stronie Stanisława Leszczyńskiego. Gdańsk udziela mu schronienia i angażuje się w wojnę przeciwko Augustowi III. Dopiero po ucieczce Leszczyńskiego miasto uznaje nowego króla. Musi też zapłacić wielkie odszkodowanie, ale jego przywileje zostają potwierdzone. W połowie stulecia dochodzi do kolejnych rozruchów społecznych w mieście, którym towarzyszy zastój gospodarczy. Król interweniuje i przy okazji wzmacnia swoją pozycję wobec Gdańska.
Konfederacja barska znalazła co prawda oddźwięk w Prusach Królewskich, ale ruch ten rozwijał się tutaj wolno w porównaniu do innych dzielnic. Wpływ na tak powolny rozwój miała nie do końca przychylna postawa wielkich miast, obecność wojsk rosyjskich w Toruniu jak i naciski wywierane na szlachtę przez Prusy. Konfederaci wielkopolscy organizują wypady na te tereny. Na jesieni 1769 r. wojska rosyjskie zaczynają pacyfikować cały obszar i docierają pod Gdańsk. W 1770 r. ruch konfederacki załamuje się. I rozbiór w 1772 r. oddał Prusy Królewskie pod panowanie pruskie. Jedynie Gdańsk i Toruń pozostały przy Polsce do czasów II rozbioru. Jednakże Fryderyk II zajął Nowy Port oraz wszystkie gdańskie posiadłości. Zaczął też pobierać opłaty celne, co w konsekwencji spowodowało spadek obrotów w handlu.
Po I rozbiorze zniesiono dotychczasowy podział administracyjny i utworzono nową prowincję – Prusy Zachodnie, do których przyłączono ziemię lęborską i powiat kwidzyński. Wprowadzono powiaty, którymi zarządzali radcy ziemiańscy (landrat). Zlikwidowano samorząd i autonomię miast. Ujednolicono system podatkowy oraz skonfiskowano dobra kościelne, królewszczyzny a także majątki należące do szlachty, która nie złożyła przysięgi hołdowniczej. Pozycja szlachty uległa więc osłabieniu. Przejęte ziemie sprzedawano junkrom i urzędnikom niemieckim, na wsiach prowadzona była silna akcja kolonizacyjna. W 1772 r. zniesione zostaje poddaństwo w dobrach królewskich a na początku XIX w. pańszczyzna. Reformy ciągną się jednak aż do połowy wieku, gdyż junkrzy są im zdecydowanie przeciwni. W wyniku uwłaszczenia chłopi tracą znaczną część ziemi na rzecz ogromnych teraz folwarków. Na początku XIX w. wprowadzono dekret dotyczący wykupu przez państwo miast pozostających w prywatnych rękach. W 1810 r. ogłoszono dekret umożliwiający swobodny rozwój przemysłu i handlu, który wzbudza opór w miastach rejencji gdańskiej.