Prusy Królewskie w latach 1466-1526
Tereny zwane Prusami Królewskimi, składające się m.in. z Pomorza Gdańskiego, zachowały duże odrębności prawne oraz ustrojowe pochodzące jeszcze z przywileju inkorporacyjnego Kazimierza Jagiellończyka (1454 r.) a wynikające z pokoju toruńskiego i przywilejów wielkich miast. Ziemie bytowska i lęborska oddane zostały w „wierne ręce” książąt zachodniopomorskich, a od 1526 r. stanowiły już ich lenno.
W Prusach Królewskich wprowadzono taki jak w Polsce podział administracyjny, tworząc trzy województwa: pomorskie, chełmińskie i malborskie. Charakterystyczną cechą własności ziemskiej było to, że nie powstały duże majątki magnackie. Kościół i klasztory utrzymały swoje posiadłości, król zaś przejął dobra należące za czasów krzyżackich do komturstw. Najwięcej królewszczyzn znajdowało się na terenie województwa pomorskiego. Sporo dóbr należało do mieszczan. Od połowy XVI w. mamy do czynienia z osadnictwem olęderskim (holenderskim). Mennonici przybywający przeważnie z Fryzji, którzy zostali sprowadzeni dla osuszania podmokłych terenów i prowadzenia hodowli rasowego bydła, mieli zapewnioną tolerancję religijną.
W latach 80. XV w. następuje ożywienie gospodarcze. Największe znaczenie odgrywają duże miasta, z najsilniejszym Gdańskiem na czele. Miasto, związane z Hanzą, posiada rozległe kontakty handlowe z wieloma krajami. Do Gdańska przywożone są sukna z Niderlandów i Anglii, sól z Półwyspu Pirenejskiego i południowej Francji, śledzie, wina francuskie i hiszpańskie, ruda żelaza i miedzi ze Szwecji. Rośnie eksport przede wszystkim zboża.
Od lat 20. XVI w. religia Lutra znajduje wielu zwolenników, przede wszystkim w wielkich miastach, gdzie dochodzi do wystąpień oraz zamieszek na tle religijnym i społecznym. W 1526 r.
Zygmunt I wkracza do Gdańska, opowiadając się po stronie stronie patrycjatu i katolicyzmu.
Prusy Królewskie w okresie rozkwitu – lata 1526-1655
Posiadający własną armię i flotę Gdańsk prowadzi niezależną politykę. Do kolejnego konfliktu dochodzi za czasów Zygmunta Augusta z powodu tak zwanych sądów kaperskich. Król próbował stworzyć własną flotę w oparciu 0 sądy, które miały prawo zatrzymywać statki wypływające z Gdańska. Na tym tle doszło do zatargu, w czasie którego gdańszczanie stracili kilkunastu kaprów. Po śmierci Zygmunta Augusta szybko okazało się, że uznanie Stefana Batorego przez Prusy Królewskie tak naprawdę zależeć będzie od Gdańska; wybucha wojna pomiędzy królem a miastem, wspieranym przez Duńczyków (1576-1577). W końcu Gdańsk przyjmuje króla, płaci odszkodowanie i składa formalne przeprosiny, Batory zaś potwierdza swobody religijne i administracyjne miasta. Do pomysłu stworzenia królewskiej floty powraca Zygmunt III Waza, który na ten cel zaciągnął nawet pożyczkę od Gdańska. Remontuje się stare statki i buduje kilka nowych w Pucku. Gdy w latach 20. XVII w. rozpoczyna się wojna o panowanie na Bałtyku, Szwedzi zajmują Piławę. W 1627 r. dochodzi do nierozstrzygniętej bitwy pod Białogórą i zwycięskiej potyczki pod Oliwą. Z wojny Prusy Królewskie wychodzą zrujnowane.
Władysław IV także próbuje zbudować flotę w oparciu o nieprzychylny temu pomysłowi Gdańsk. Udało się zebrać dziesięć statków, które przerobiono na okręty wojenne. Flota stacjonowała w pobliżu Pucka, gdzie wzniesiono warsztaty naprawcze. Na dzisiejszym Półwyspie Helskim wzniesiono warownie Władysławowo i Kazimierzowo. Niestety i tym razem przedsięwzięcie nie powiodło się z powodu braku pieniędzy i braku zainteresowania szlachty polskiej. W 1644 r. wojewoda pomorski Jan Wejher założył na tak zwanym surowym korzeniu nowe miasto – Wejherowo.
Jeśli chodzi o ziemie lęborską i bytowską, po 1526 r. stanowią one lenno książąt zachodniopomorskich. Prusy Królewskie pragną przyłączenia tych terenów. Gdy umiera ostatni Gryfita – książę Bogusław XIV w 1637 r., stany pruskie otrzymują obietnicę króla i następuje formalna inkorporacja ziem.