Wieki upadku i zamętu
Kolejną cezurą w dziejach ziem słowackich był rok 1526 – klęska pod Mohaczem, która doprowadziła do długotrwałej okupacji tureckiej. Działania wojenne dotykały południowych rubieży Górnych Węgier (tak nazywały się tereny dzisiejszej Słowacji), Na węgierskim tronie, przeniesionym z Budy do Pozsony (dzisiejsza Bratysława), zasiedli Habsburgowie. Mniej więcej w tym samym czasie w bogatych miastach za pośrednictwem żywiołu niemieckiego zaczęła się szerzyć reformacja, która wkrótce ogarnęła całą Koronę Węgierską. Najsilniejsze bastiony wyznawców nauki Lutra powstały w miastach dzisiejszej Słowacji. Stulecia XVI i XVII zapisały się jako lata walk i zamętu, na których najmocniej ucierpiała ludność cywilna. Po wojnach tureckich, powstaniach antyhabsburskich, prześladowaniach religijnych i zarazach, na początku XVIII w. liczebność Słowaków spadła do miliona (z ok. 3 mln pod koniec średniowiecza). W poszukiwaniu pracy i lepszych warunków życia migrowali z gór, zakładając osiedla na południu Wielkiej Niziny.
Ku przebudzeniu narodowemu
Pod koniec XVIII w. na ziemiach słowackich rozpoczął się powolny proces odrodzenia narodowego, inicjowany przez drobną inteligencję (księży, pastorów, nauczycieli]. Jego wyrazem stała się literatura i dziejopisarstwo. W 1780 r. Juraj Papanek spisał, jeszcze po łacinie, historię narodu słowackiego. Poeta Jozef I. Bajza jako pierwszy wystąpił z postulatem tworzenia literatury w języku słowackim, a katolicki ksiądz Anton Bernolak w 1787 r. podjął próbę kodyfikacji słowackiego na bazie gwar zachodniosłowackich. W 1792 r. powstało Słowackie Towarzystwo Naukowe, w którym działał m.in. pisarz i działacz ludowy Juraj Fandly.
Wiosna Ludów w 1848 r.
Na fali rewolucji, która ogarnęła Europę, Słowacy w 1848 r. po raz pierwszy wyartykułowali potrzebę samostanowienia w petycji Żądania narodu słowackiego, skierowanej do węgierskiego sejmu. Kiedy ich postulaty przeszły bez echa, zawarli przymierze z dworem habsburskim, któremu ofiarnie pomogli stłumić powstanie węgierskie, nie uzyskując w zamian nic oprócz prześladowań. W tych burzliwych czasach na arenie dziejów pojawił się Ludovit Śtur, polityk, pedagog i językoznawca, jedna z największych (a z naszego punktu widzenia – najbardziej kontrowersyjnych) postaci słowackiej historii. Śtur, który ostatecznie skodyfikował język słowacki (1843 r.) i wychował całe pokolenia patriotów, miał spójną i optymistyczną wizję przyszłości, która rozwiała się pod koniec jego czterdziestoletniego życia.
Po stłumieniu Wiosny Ludów w całej monarchii wzmógł się habsburski terror. Dopiero w latach 60. XIX w. dwór zmienił kurs polityczny w kierunku ugody z Węgrami. Słowacy widzieli szansę w liberalizacji polityki dworu i w 1861 r. wystosowali Memorandum Narodu Słowackiego, postulujące swobody obywatelskie i utworzenie państwa słowackiego w obrębie ck monarchii. Dokument został odrzucony przez Wiedeń, jednak w ramach swobód oświatowych Słowacy mogli założyć swoją Macierz (Matica Slovenska) – ogólnonarodową organizację kulturalną, wokół której wkrótce skupiła się słowacka inteligencja. W tym samym czasie powstały również trzy słowackie gimnazja.
Madziaryzacja
W wyniku utworzenia monarchii austro-węgierskiej Węgrzy, którzy otrzymali całkowitą swobodę w polityce wewnętrznej, przyjęli doktrynę jedno państwo, jeden naród, jeden język. Rozpoczął się okres bezwzględnej madziaryzacji, który położył się cieniem na historii stosunków słowacko-wę-gierskich. W latach 70. XIX w. Węgrzy zlikwidowali gimnazja słowackie, usunęli język słowacki nawet ze szkół podstawowych i szkółek przykościelnych, zakazali działalności Macierzy Słowackiej. Rozbity ruch próbował konsolidować m.in. biskup Andrej Hlinka (1864-1938), zwany później ojcem narodu. Na przełomie XIX i XX w., wobec narastającej biedy na wsi, rzesze Słowaków migrowały do miast (Peszt został zbudowany w dużej mierze przez słowackich murarzy) oraz za ocean – do USA, Kanady, Brazylii i Argentyny.